目前已知引起腹瀉的病原體有數(shù)十種之多，但國內(nèi)報(bào)告以細(xì)菌性和病毒性腹瀉占多數(shù)。雖然不同自然環(huán)境和生產(chǎn)、生活方式不同的地區(qū)，引起腹瀉病的主要病原體有所不同，但總體上居首位的是志賀氏菌及輪狀病毒，第二位是腸致瀉性大腸桿菌，第三位是空腸彎曲菌及沙門氏菌，第四位及第五位是非O1/非O139群霍亂弧菌，其他致瀉性弧菌和小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌。

病毒性腹瀉在感染性腹瀉中占有重要的比例，其病原體包括輪狀病毒、腺病毒、星狀病毒、小圓病毒、杯狀病毒等，目前在國內(nèi)病毒性腹瀉中檢出的主要病原體是輪狀病毒。

腸致瀉性大腸桿菌目前已發(fā)現(xiàn)5種，即1腸致病性大腸桿菌（EPEC），引起嬰幼兒水樣或蛋花湯樣便；2 腸產(chǎn)毒性大腸桿菌（ETEC）引起病人霍亂樣水樣便；3 腸侵襲性大腸桿菌（EIEC），病人發(fā)生細(xì)菌性痢疾樣便；4 腸出血性大腸桿菌，病人早期為水樣便，后為血便；5 腸集聚性粘附大腸桿菌（EAEC），該菌與小兒頑固性腹瀉有關(guān)。

沙門氏菌某些菌型可致人的急性腹瀉和食物中毒暴發(fā)。全球已發(fā)現(xiàn)2000多個菌型，我國至少已檢出255個型或變異型，其中已知能引起人類致病的有57個型，主要在A～F群內(nèi)，所以在沙門氏菌血清學(xué)鑒定時(shí)，可先用A～F多價(jià)O血清檢查。鼠傷寒沙門氏菌感染遍及全國各地，該菌在醫(yī)院兒科、產(chǎn)科嬰兒室的交叉感染屢有報(bào)告。

致瀉性弧菌為重要的病原細(xì)菌，在弧菌屬中，把與O1群霍亂弧菌具有共同鞭毛抗原，生化性狀類似，僅菌體抗原不同的弧菌統(tǒng)稱為霍亂弧菌，根據(jù)菌體抗原不同，目前已編排到200個以上血清群，除O1/O139群為霍亂的病原體外，其余統(tǒng)稱為非O1/非O139霍亂弧菌，有些能引起散發(fā)性腹瀉或食物型暴發(fā)。除霍亂弧菌外，發(fā)現(xiàn)有多種致病性弧菌，其中擬態(tài)弧菌、河弧菌、弗尼斯弧菌、副溶血弧菌、霍利斯弧菌和少女魚弧菌等可引起腸道感染。

近十多年來的研究證明，由空腸、結(jié)腸彎曲菌引起的腸炎分布較廣，可引起人的，也可引起一些家畜或家禽的腹瀉，其主要癥狀有發(fā)熱、腹瀉和腹痛，少數(shù)有嘔吐，與細(xì)菌性痢疾相似，但病情較輕，本病的癥狀和糞便性狀缺乏特征性，故確診只能依靠病原體的分離培養(yǎng)和鑒定。

小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌病是近些年來國際上受到重視的一種新腸道傳染病，在各大洲均有發(fā)現(xiàn)，我國已從人群、動物及外環(huán)境分離出小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌，證明本病在我國廣泛分布，該菌主要引起急性腸炎或急性胃腸炎。

賈第蟲病是由藍(lán)氏賈第鞭毛蟲所致，以兒童多見，多在夏秋季發(fā)病，該蟲寄生于腸道，可引起腹瀉、腹痛、吸收不良和粘液性大便。隱孢子蟲能引起隱孢子蟲病，該病是人獸共患疾病，呈世界性分布。